有機肥料按其養(yǎng)分含量與化學(xué)肥料相比，前者是養(yǎng)分種類多，氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫和微量元素都有，而后者比較單一，氮素化肥只含氮，磷素化肥只含磷，鉀素化肥只含鉀，即使是復(fù)合肥料也只含氮、磷、鉀等有限幾種養(yǎng)分。但是，有機肥料所含各種養(yǎng)分種類雖然齊全，其濃度卻比較低，以雞糞為例，它的氮含量約為1.6%，磷含量約為1.5%，鉀含量約為0.9%，即100千克雞糞含氮（N）1.6千克，磷（P2O5）1.5千克，鉀（K2O）0.9千克?；手心蛩睾?6%，即100千克尿素含氮（N）46千克，氯化鉀含鉀60%，100千克氯化鉀含K2O60千克，化肥所含養(yǎng)分濃度比有機肥高得多。有機肥料中含有大量的有機質(zhì)，這是化肥所沒有的。有機肥料施入土壤后要經(jīng)微生物分解、腐爛后才能釋放出養(yǎng)分供作物吸收，化肥則施入土壤后即能發(fā)揮作用。所以，有機肥料含養(yǎng)分種類多，濃度低，釋放慢；化肥則與之相反，養(yǎng)分單一，濃度高，釋放快。兩者各有優(yōu)缺點，有機肥應(yīng)與化肥配合施用才能揚長避短，充分發(fā)揮其效益。
有機肥料的作用有以下兩方面：
（1）改良土壤，培肥地力。有機肥料中的主要物質(zhì)是有機質(zhì)，施用有機肥料增加了土壤中有機質(zhì)的含量。有機質(zhì)可以改善土壤物理、化學(xué)和生物特性，熟化土壤，培肥地力。
（2）增加作物產(chǎn)量和提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)。不但含有氮、磷、鉀，還含有多種糖類，氨基酸等物質(zhì)，不僅可為作物提供營養(yǎng)，而且可以促進土壤微生物的活動。有機肥料還含有多種微量元素，如畜禽糞便每100千克中含硼2.2～2.4克，鋅2.9～29.0克，錳14.3～26.1克，鉬0.3～0.4克，有效鐵2.9～29.0克。有機肥和化肥配合施用增產(chǎn)效果顯著，而且能改善產(chǎn)品的品質(zhì)，使蔬菜中硝酸鹽、亞硝酸鹽含量降低，維生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。
有的有機肥料改良土壤，培肥地力的作用大一些，如秸稈、草炭、堆肥等等；有的有機肥料則以供應(yīng)農(nóng)作物所需養(yǎng)分為主，如人糞尿、雞糞等等，這種差別主要視不同有機肥料中有機質(zhì)和含氮量之間的比例而定。有機質(zhì)的結(jié)構(gòu)物質(zhì)主要是碳（C），所以這種比例稱為碳氮化（C/N），C/N大于30的有機肥料其作用以改土為主，C/N小于30的有機肥料其作用以供應(yīng)養(yǎng)分為主。作物秸稈的C/N在100左右，施入土中，改良土壤的作用很大，由于所含氮素數(shù)量很少，在分解腐爛過程中不僅不能釋放出氮素，還要從土壤中吸收氮，秸稈還田時有的地方要加施一點化學(xué)氮肥才能加速腐解過程。
生物有機肥含有功能菌和有機質(zhì)，能改良土壤，促使被土壤固定的養(yǎng)分釋放。
生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來提高土壤固定肥料的利用。生物有機肥的有機質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合某些土壤環(huán)境。
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